Musicien complet et polyvalent, Franck Marcon possède un répertoire étendu avec pour chaque projet et chaque époque une approche instrumentale, vocale, musicologique organologique extrêmement précise et historiquement informée.  Par ailleurs, il s'est engagé depuis de nombreuses années pour la création contemporaine.  De nombreuses oeuvres lui ont été dédiées ainsi qu’à son ensemble vocal Polhymnia.

Après avoir obtenu une licence d’histoire, Franck Marcon décide de se consacrer entièrement à la musique et entre au Conservatoire de Nice dans les classes d’orgue (René Saorgin, Jean-Luc Étienne) et de clavecin (Mireille Podeur). Après l’obtention d’un premier prix de clavecin et de musique ancienne, ainsi que d’un premier prix de musique de chambre au Conservatoire de Paris, il est admis à la Haute Ecole de Musique de Genève dans la classe de clavecin d’Alfonso Fedi où il se voit décerner un master de concert en 2005. Titulaire des orgues historiques Serassi de Tende, il se produit dans diverses formations baroques en tant que claveciniste.

Depuis 2009, Franck Marcon est accompagnateur et chargé de cours en musique baroque à la Haute École de Musique de Genève et Neuchatel pour les instrumentistes et chef de chant baroque pour les chanteurs.  Il accompagne aussi régulièrement au sein du Concours international de Genève. 

Franck Marcon a reçu, en juin 2003, un master de direction à la Haute École de Musique de Genève dans la classe de Michel Corboz. Franck Marcon est régulièrement engagé comme chef d’orchestre et chef de choeur. 

Depuis septembre 2002, Franck Marcon dirige l’Ensemble vocal Polhymnia qui se consacre à la musique contemporaine et à l'ensemble du répertoire choral. Salué par la critique pour l’ensemble de ses prestations et pour ses enregistrements l'Ensemble propose une saison de concert à Genève. Ses derniers projets engagés autour de la Méditerranée et la migration avec des création de Xavier Dayer, Arturo Corrales, Nicolas Bolens et la production des Lys de madrigaux de Maurice Ohana ainsi que Voice consacré à la voix a cappella avec des créations de Nicolas Bolens et Xavier Dayer ont été particulièrement remarqués.

Franck Marcon a engagé une première collaboration avec le Lemanic Modern Ensemble et l’HEMU de Lausanne autour de grandes oeuvres du répertoire avec orchestre de Bartok,  le célèbre Clocks and Clouds de Ligeti. Il a également participé à l'édition 2019 du Festival Archipel de Genève consacré à la création féminine avec une pièce d'Edith Canat de Chizy et une commande avec grand ensemble à Aki Nakamura. Enfin, une collaboration récente avec l'Ensemble Contrechamps de Genève a permis la création d'une grande oeuvre pour choeur féminin et ensemble de Xavier Dayer sur des textes de l'écrivain Nicolas Bouvier. 

Franck Marcon est également engagé dans la médiation culturelle en suivant cette belle de phrase de Jean Vilar « l’élitisme pour tous ». C’est ainsi qu’avec l’association Crescendo de Bron, son choeur et  l’Orchestre Symphonique de Lyon, il a dirigé le Requiem de Verdi en février 2020, l’idée étant de rendre accessible à des amateurs de haut niveaux et à un public peu habitué des grandes salles, une grande oeuvre du répertoire.

Franck Marcon a pris en 2021 la direction artistique du Festival international des orgues - La route royale des orgues dans le sud de la France. Pour 2023, il produira avec l’Ensemble Polhymnia un nouveau programme - Claustralis musica #2 consacré aux compositrices lombardes de la fin du XVIIe siècle - autour des Vêpres d’Isabella Leonarda ainsi qu’une intégrale de la musique pour choeur de femme du compositeur Florent Schmitt.

L’année 2024 sera l’année des 30 ans de l’ensemble Polhymnia avec entre autre un nouveau projet autour du poète Philippe Jaccottet; la danseuse Florence Jaccottet et le compositeur Nicolas Bolens.